Обща информация
Пещерата се дели три основни нива и две междинни. Третият етаж е благоустроен през 1971-1982, като туристическото трасе е 1250 метра. По целия туристически маршрут се наблюдават сталактити, сталагмити, сталактони, хелектити, синтрови езера, леопардова кожа, дендрити, драперии и едни от най-уникалните образувания – пещерните перли.
През различните сезони в пещерата са регистрирани общо 11 вида прилепи:
- Голям подковонос (Rhinolophus ferrumequinum)
- Малък подковонос (Rhinolophus hipposideros)
- Дългоух прилеп (Myotis bechsteinii)
- Трицветен нощник (Myotis emarginatus)
- Остроух нощник (Myotis blythii)
- Голям нощник (Myotis myotis)
- Полунощен прилеп (Eptesicus serotinus)
- Воден нощник (Myotis daubentonii)
- Мустакат нощник (Myotis mystacinus)
- Кафяв дългоух прилеп (Plecotus auritus)
- Сив дългоух прилеп (Plecotus austriacus)
Шест от срещащите се в района на Ягодинската пещера видове са сред приоритетните за опазване за цяла Европа – големият и малкият подковоноси, както и четири вида нощник: големият, остроухият, дългоухият и трицветният. През летните месеци най-значим за прилепите е естественият вход на пещерата. В периода 15 август до 30 септември пещерата е важно място за есенно струпване. По това време, около входа, всяка вечер се струпват множество мъжки и женски екземпляри от около 9-10 вида прилепи. В пещерата зимуват основно големия и малкия подковонос, рядко и други видове.