Общината е разположена в източната част на Област Пазарджик. Релефът на общината е средно планински, хълмист и равнинен, като територията ѝ изцяло попада в пределите на Западните Родопи. От югозапад на североизток през общината протича Стара река (десен приток на Марица) с част от средното си течение. Районите северозападно от нейната долина се заемат от югоизточните части на рида Къркария. Неговата максимална височина в пределите на общината връх Костина могила (1440 m) се намира северозападно от летовището „Св. Константин“.
Самият град Пещера се намира в предпланината (461 m н.в.), на границата с Горнотракийската низина, в близост до градовете Батак и Брацигово. Градът е селище с твърде стара и интересна история. Най-ранните човешки следи датират от епохата на неолита. Откритите находки дават основание на изследователите да заключат, че през бронзовата епоха пещерите Снежанка и Юбилейна са били обитаеми. В продължение на хилядолетия този край е обитаван от тракийското племе беси.
Късноантичната и средновековна крепост Перистера („Гълъбовата крепост“) се намира съвсем близо до град Пещера. В центъра на мястото има по-стар комплекс от камъни на вероятно тракийско светилище с изсечени скални стъпала. В края на хълма археолозите намират глинени погребални урни с формата на саркофаг, каквито е трудно да се открият при повечето тракийски погребения. Цитаделата на крепостта се разпростира на 3 декара, а вторият пояс крепостни стени загражда 12 декара. През 2012 г. е извършена частична реставрация на крепостните стени, пълно възстановяване на южната кула, която в момента е превърната в музей.
Музеят в с. Радилово предлага на своите посетители твърде интересна музейна сбирка, която съхранява цялата история на селото, като е разделена на три експозиции – обща история (включваща фото материали и археологически експонати, които показват историята на селото), етнографска (включваща носии и предмети, които разкриват поминъка и бита от края на IX в. и началото на XX в.) и делото на Лейди Странгфорд (включваща предмети и фото материали от болницата в село Радилово, чиято постройка служи за музейната сбирка)
Резерват „Купена“ се намира на 3 км южно от Пещера. Богат е на застрашени от изчезване растителни и животински видове. На територията на община се намират пещерите Снежанка (част от „100-те национални туристически обекта“) и Юбилейна, важен дом за редица видове прилепи.